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Besonders in den ersten sechs Monaten nach der Transplantation ist der Patient durch Abstoßungen und Infektionen durch Bakterien, Viren und Pilze bedroht. Häufig verläuft eine Abstoßung, ohne dass der Patient dies wahrnimmt. Erst in der Bronchoskopie (Spiegelung der Luftwege) wird sie durch Gewebeprobenentnahme nachgewiesen und kann durch Kortison behandelt werden.
Infektionen äußern sich meist als Lungenentzündungen, können jedoch auch zu Infekten des Magen-Darm-Traktes, der Nieren und der Harnwege oder des Nervensystems führen. Schlimmstenfalls kann es zu einer Ausschwemmung der Bakterien ins Blut und dem Ausfall von Organen führen (Sepsis). Die häufigsten Ursachen sind Bakterien, Viren (Cytomegalie) sowie Pilze. Durch eine gute medikamentöse Prophylaxe können diese Infektionen meist verhindert oder deren Schweregrad verringert werden.